Παρόλο που η PGD μειώνει σημαντικά τον κίνδυνο γενετικών διαταραχών, δεν μπορεί να εγγυηθεί μια εντελώς υγιή εγκυμοσύνη ή μωρό. Αυξάνει την πιθανότητα επιλογής υγιών εμβρύων, αλλά και άλλοι παράγοντες μπορούν να επηρεάσουν την έκβαση της εγκυμοσύνης.